Inchworm screening como estrategia de búsqueda exhaustiva para el diseño de inhibidores específicos de la interacción de la proteína spike del virus SARS-CoV-2 con ACE2

Abstract

El diseño racional de fármacos busca mejorar la eficacia y reducir los efectos secundarios de los medicamentos mediante enfoques basados en la comprensión de la estructura y la función de las moléculas objetivo. Este proyecto se centra en desarrollar estrategias innovadoras y herramientas computacionales para acelerar el proceso del diseño de fármacos con base en su estructura. En este trabajo proponemos el protocolo de Inchworm screening como una estrategia metodológica que se sitúa entre el docking ciego y el docking específico, dirigida a expandir la cobertura espacial del muestreo sin perder resolución local. Este enfoque se basa en realizar un recorrido secuencial y progresivo sobre una región previamente delimitada de la superficie proteica, utilizando residuos de referencia distribuidos a lo largo del dominio RBD de la proteína spike S1 del SARS-Cov-2. En lugar de depender exclusivamente de predicciones de cavidades, se implementó un muestreo regular centrado en cada residuo de interés, generando múltiples poses de acoplamiento en su entorno inmediato.