Modelación molecular en sistemas biológicos

Abstract

En el presente trabajo se presenta información general sobre las biomoléculas, en particular se desarrolla lo relacionado con las proteínas, iniciando con lo relacionado con los aminoácidos y posteriormente con las fuerzas no covalentes involucradas en mantener la estructura tridimensional de las proteínas; aquí se desarrolla información sobre las interacciones iónicas, los enlaces o puentes de Hidrógeno, así como el efecto hidrofóbico y las fuerzas de van der Waals o de dispersión. Esta información es relevante pues forma parte de los datos que eventualmente habrá que utilizar en los estudios in silico. Para esa sección se desarrolla información sobre la modelación molecular, en donde se discute sobre los modelos, su utilidad e importancia, así como los principios extremos y la predicción de equilibrios. Se incluye también una sección sobre los átomos y los modelos de la estructura electrónica, el problema electrónico, los modelos teóricos y sus niveles de teoría. Se presenta información sobre los métodos Ab initio y los métodos semiempíricos. Más adelante se describe una sección sobre la selección de los modelos para la aplicación química, el conjunto de bases, la optimización de geometría y los criterios de convergencia; finalmente se comenta sobre los análisis vibracionales de Mulliken. El texto incluye un glosario y la lista de las referencias bibliográficas utilizadas.